Après avoir exercé au sein des cabinets du ministre du Budget (2012-2014) puis de la ministre des Affaires sociales et de la Santé (2014-2016), il est nommé, en 2017, directeur de l’Urssaf Caisse nationale. Il occupe ces fonctions pendant sept ans avant de rejoindre, en 2024, le cabinet du Premier ministre en qualité de chef du pôle social.

De retour à l’Igas en septembre 2024, Yann-Gaël Amghar contribue à plusieurs rapports :

• « Revue de dépenses sur les prescriptions en ville et à l’hôpital », novembre 2025

• « Pertinence et efficience des dépenses de biologie médicale », mai 2025

• « Pertinence et efficience des dépenses de radiologie », mai 2025

Depuis avril 2025, Yann-Gaël Amghar est également président du Haut Conseil pour l’avenir de l’Assurance maladie.