Diplômé de l’ENA (devenue INSP ) en 1992, Laurent Habert débute sa carrière à la Direction de la sécurité sociale (il y est chef de bureau, sous-directeur et ultérieurement chef de service), avant de rejoindre en 2009 l’@agence régionale de santé d’Alsace, en tant que directeur préfigurateur puis directeur général. 

En 2017, il est nommé conseiller de la ministre en charge de la Sécurité sociale et du budget, puis devient, en avril 2019 directeur de l’@agence régionale de santé du Centre-Val-de-Loire jusqu’en décembre 2022, date à laquelle il rejoint l'Igas.