Il a été prévu dès la mise en place du programme national nutrition santé 2006-2010 dit aussi PNNS2 de mettre en oeuvre initialement en 2010 une évaluation externe. Le ministre de la santé et des sports a demandé le 24 juin 2009 à l’IGAS de réaliser cette évaluation. Le ministre de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche a par lettre du 20 août 2009, invité le CGAAER à prêter son concours à cette mission d’évaluation du PNNS.